Cổ Loa được Chính phủ công nhận là Di tích Quốc gia từ năm 1962, đến năm 2012 Cổ Loa được công nhận là Di tích Quốc gia đặc biệt, có giá trị về lịch sử, kiến trúc nghệ thuật và khảo cổ. Trước năm 1995, Cổ Loa được quản lý bởi chính quyền địa phương, sau đó được chuyển qua nhiều đơn vị quản lý. Từ Ban Quản lý Di tích – Danh thắng đến Trung tâm Bảo tồn di tích Cổ Loa – Thành cổ Hà Nội (hiện là Trung tâm Bảo tồn di sản Thăng Long – Hà Nội), nhưng phụ trách trực tiếp chỉ là một tổ thuộc cấp phòng với quyền hạn khiêm tốn. Đến năm 2014, Ban Quản lý khu di tích Cổ Loa mới được thành lập, là đơn vị hành chính cấp 2 trực thuộc Trung tâm Bảo tồn di sản Thăng Long – Hà Nội. Sau hai năm được công nhận là Di tích Quốc gia đặc biệt, Thủ tướng đã phê duyệt quy hoạch tổng thể Khu di tích Cổ Loa thành Công viên Lịch sử - Sinh thái – Nhân văn với tỉ lệ 1/2000. Tuy vậy thành Cổ Loa đang hàng ngày bị xâm hại cho thấy còn tồn tại những thiếu hụt trong nhận thức của công chúng và cả những bất cập trong tư duy quản lý và hoạch định chính sách.

Theo Ban Quản lý Khu di tích Cổ Loa, hiện Khu di tích đang bị xâm hại nghiêm trọng, người dân canh tác nông nghiệp cả trên tường thành, nuôi cá dưới hào, những hộ dân ở sát chân Thành cổ thậm chí đã được cấp "Sổ đỏ" do sinh sống nhiều đời trên khu vực này. Một số đoạn trên mặt thành biến thành đường nhựa cho xe cơ giới qua lại...Vòng Thành Nội đã gần như mất đi toàn bộ hình dáng, chỉ còn sót lại một vài ụ đất rải rác. Nhiều đoạn hào trong Thành Nội cũng bị lấp để xây nhà và làm đường, hoặc bị cây và cỏ dại mọc um tùm. Bên cạnh đó, hai vòng Thành Trung và Thành Ngoại dù vẫn còn nguyên đường nét những không còn giữ được độ cao như trước (chiều cao gốc của thành từ 7-8m, có nơi lên tới 10m nhưng giờ đây chỉ còn lại 3m trở xuống, có nơi chưa đầy 1m), nhiều đoạn hào được trưng dụng làm diện tích trồng lúa. Di chỉ Đồng Vông trên doi đất bên sông Hoàng Giang vốn có tầm quan trọng đặc biệt, thể hiện các giai đoạn khảo cổ học phát triển liên tục từ Phùng Nguyên đến Đông Sơn đều đang trên bờ vực xóa sổ vì các công trình dân sinh.

Tuy vậy, Ban Quản lý Khu di tích Cổ Loa chỉ có chức năng “kiểm tra, phát hiện và báo cáo” mà không được phép xử phạt, nên nhiều báo cáo của Ban Quản lý và những ý kiến phản ánh các vi phạm nêu trên gửi cho địa phương phần lớn không có hồi âm.

Phó Ban Quản lý Khu di tích Cổ Loa Lê Việt Dũng cho biết: Ban Quản lý chỉ được phép phụ trách “vùng lõi” thuộc khu vực Thành Nội, với các địa điểm như Đền Thượng thờ An Dương Vương, Giếng Ngọc, đình Ngự Triều, am thờ Mỵ Châu... cùng vài khu đất gần trụ sở làm việc với tổng diện tích khoảng 4 ha. Trong khi đó, toàn bộ Khu di tích Cổ Loa rộng gần 900 ha và 3 vòng thành đất do chính quyền địa phương và người dân quản lý, với quan điểm như đất đai thông thường, không phải đất di tích.

“Tại Cửa Trấn Nam, một điểm rất quan trọng của di tích bị che khuất hoàn toàn bởi các hàng quán mọc lên san sát. Tôi đã làm việc với lãnh đạo xã nhiều lần, kể cả đã phát biểu trong một số cuộc họp trên huyện, đề nghị UBND xã lưu ý dẹp hàng quán, quản lý chặt chẽ nhưng tình trạng trên vẫn tiếp diễn”, ông Lê Việt Dũng nêu ví dụ.

Phó Giáo sư Tiến sỹ Nguyễn Văn Huy nhận định:  Khu di tích Cổ Loa nếu có tầm nhìn và được đầu tư tốt sẽ trở thành một điểm du lịch hấp dẫn bậc nhất của Thủ đô. Hấp dẫn bởi tính lịch sử của Loa thành, bởi những câu chuyện tình lịch sử, bi kịch, đầy tính nhân văn, bởi cảnh quan thiên nhiên vẫn còn giữ được. Nhưng những tiềm năng này đang có nguy cơ bị xâm thực mạnh mẽ trong bối cảnh rất nóng của quá trình đô thị hóa, sự bức xúc của người dân mong muốn thay đổi cuộc sống của mình.

Theo Phó Giáo sư Tiến sỹ Nguyễn Văn Huy, dù được xếp Di tích lịch sử văn hóa quốc gia đợt đầu tiên từ năm 1962, thuộc diện di tích đầu bảng và nay được nâng lên là Di tích lịch sử văn hóa Quốc gia đặc biệt. Nhưng hơn nửa thế kỷ qua, Cổ Loa vẫn không xác định được mốc giới di tích, không phân định rõ ai là chủ đích thực để quản lý, không biết phải quản lý những gì... Việc Ban Quản lý Khu di tích chỉ quản lý đình, đền, miếu, giếng ngọc, vườn thuyền...Còn “hạt nhân” của Loa thành gồm 3 vòng thành, 3 vòng hào cũng như sông Hoàng Giang thì do chính quyền xã Cổ Loa quản lý, khiến di tích không được quản lý thống nhất, đồng bộ, thiếu tập trung.

Thời gian qua Nhà nước đầu tư cho Cổ Loa chủ yếu tập trung vào vùng thành nội với Đền Thượng, Đình ngự triều di quy, am Mỵ Châu, Giếng Ngọc... là vùng lõi, vùng bảo vệ cần được ưu tiên là chưa phù hợp với đặc điểm riêng biệt của khu di tích Cổ Loa. Theo truyền thuyết và trong tâm trí người Việt Nam thì Cổ Loa là 3 vòng thành, đây chính là thứ giá trị nhất tạo nên thành Cổ Loa, nên 3 vòng thành đều có giá trị lịch sử ngang nhau. Không thể coi vòng Thành Nội, vòng trong cùng quan trọng hơn vòng ngoài hay ngược lại.

Đồng thời nói đến Cổ Loa không chỉ nói đến thành, 3 vòng thành mà cần phải nói về thành và hào cũng như sông Hoàng Giang. Các đoạn hào không được chú ý đúng mức hay gần như đã bị lãng quên. Cho đến nay chưa có đoạn hào nào được khôi phục rõ hình thái với độ sâu và mặt nước vốn có của nó, các hào đã nông cạn gần như mặt ruộng. Vào mùa nước, nhiều đoạn hào cũ đã biến thành đầm, nhiều đoạn bị lấn chiếm, xây dựng, kể cả xây trụ sở hay trường học...

Theo Phó Giáo sư Nguyễn Văn Huy, vẻ đẹp của Cổ Loa còn là toàn bộ cảnh quan của Cổ Loa, nhất là cảnh đẹp nhìn từ xa, ít nhất là từ con đường ô tô đi vòng quanh thành. Từ xa ngắm nhìn Loa thành với đồng ruộng, hào nước và thành đất, với dòng Hoàng Giang bao quanh sẽ làm khách thăm quan có thể đắm mình tưởng tượng bối cảnh Hoàng thành hơn 2300 năm trước. Những thành tố này là vô cùng quan trọng trong công cuộc bảo tồn và phát huy giá trị của Cổ Loa.

Tổ chức Giáo dục, Khoa học và Văn hóa Liên hợp quốc (UNESCO) đã đưa ra hướng dẫn quản lý du lịch tại các khu di sản, trong đó nêu rõ bất cứ chương trình du lịch bền vững nào cũng cần sự tham gia của những người có lợi ích, hoặc các bên quan tâm gồm các cơ quan Chính phủ, các tổ chức nghiên cứu bảo tồn di sản, các tổ chức phi chính phủ, các nhà kinh doanh bất động sản và các cộng đồng địa phương. Do đó, việc “đánh thức” di sản cần có chính sách, quy hoạch của Nhà nước và đầu tư của doanh nghiệp.

Bà Trần Thị Thu Thủy, Ban Văn hóa của UNESCO nêu ý kiến: Yếu tố thúc đẩy sự tham gia của cộng đồn chính là xây dựng lòng tin. Chính quyền phải công khai thông tin về chính sách phát triển, tương tác với người dân và cam kết thực hiện. Các thức hợp tác có hiệu quả chính là sử dụng phương pháp đánh giá có sự tham gia của người dân nông thôn, cho phép người dân địa phương cất tiếng nói, mô tả về đời sống kinh tế, văn hóa, xã hội và môi trường của họ. Dựa trên những thông tin đó, các nhà nghiên cứu đưa ra các phương án tư vấn, giúp chính quyền hoạch định chính sách phù hợp với quyền lợi của chủ đầu tư và người dân địa phương. Điều quan trọng nhất là những kế hoạch này phải có sự tham gia ngay từ đầu của người dân, thay vì công bố các dự thảo kế hoạch quản lý để lấy ý kiến công chúng. Những nhà xây dựng kế hoạch cần bắt đầu bằng việc cùng người dân xác định xem họ cần gì và một di sản có thể lại lợi ích gì. Toàn bộ quy trình trên cần sự tư vấn của các nhà nghiên cứu phát triển.

Cho rằng việc đặt vấn đề bảo tồn và phát huy Khu di tích Cổ Loa “dù muộn còn hơn không”, Phó Giáo sư Tiến sỹ Nguyễn Văn Huy nhận định: "Muốn Cổ Loa phát huy được giá trị của mình, lãnh đạo thành phố Hà Nội phải đổi mới cách nhìn, thật sự quan tâm và thúc đẩy Cổ Loa trở thành điểm du lịch và sáng giá nhất của Thủ đô, xứng đáng với những giá trị nội tại vốn có của nó. Vấn đề Cổ Loa thực ra đã là một căn bệnh trầm kha tồn tại từ 20 năm trước. Nếu vẫn tiếp tục quản lý như hiện nay thì 20 năm sau cũng không có gì thay đổi...".